Barthold Kuijken es una destacada autoridad y artista de la práctica interpretativa histórica de la flauta y la flauta dulce barrocas. De familia de músicos, es el menor de tres hermanos. Tras estudiar flauta moderna en el Conservatorio de Brujas, amplió estudios en el Conservatorio Real de Bruselas y en el Real Conservatorio de La Haya. Durante su estancia en Bruselas se interesó por la música antigua para flauta y flauta dulce, y ha dedicado su vida principalmente a interpretar música de la época barroca en grupos de cámara y también en conjuntos más grandes como Parnassus Ensemble, Collegium Aureum y La Petite Bande.
Kuijken disfruta interpretando música de cámara con sus hermanos mayores Wieland, que toca el violonchelo o la viola, y Sigiswald, que toca el violín. Han realizado giras juntos por Europa, Asia y América, y han publicado varias grabaciones, entre ellas "French and Italian Flute Music of the Eighteenth Century" (2008), en la que los hermanos interpretan tríos de varios compositores barrocos como Corelli, Blavet y Montéclair. Otras grabaciones del conjunto Kuijken incluyen "Les Nations" de Couperin (2001), "Six Quartets Op 5" y "London Trios" de Haydn (2006), "Bach vs Haydn 1788/90" (2015) y "Musicalisches Opfer/Musical Offering BWV 1079" de Bach (2015). El grupo también ha ampliado sus actuaciones barrocas con "Debussy's Chamber Music" (2016).
Barthold es profesor principal de flauta en el Real Conservatorio de La Haya y en el Conservatorio Real de Bruselas. Ha escrito un libro titulado "The Notation Is Not the Music: Reflections On Early Music Practice and Performance' (2013). Es director musical y artístico de la Orquesta Barroca de Indianápolis.